Séquençage NGS haut-débit
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BIOfidal s’est équipé d’un séquenceur haut-débit MiSeq d’illumina, qui allie rapidité, simplicité et efficacité pour l’analyse de vos petits génomes, gènes d’intérêt, amplicons et RNA-seq. Le MiSeq génère en à peine 56h de run, jusqu’à 25 millions de lectures (reads) avec 15 Gb de données de sortie, pour des lectures allant jusqu’à 300 bp à chaque extrémité des fragments d’ADN (séquençage dit en « paired-end » 2 x 300 pb).
N’hésitez pas à contacter notre équipe spécialisée en séquençage haut-débit pour vous apporter son expertise pour un support scientifique et des conseils dans le design de vos projets.
Nous sommes ouverts à toute collaboration pour des mises au point de protocole, en fonction de vos besoins et contraintes, contactez-nous pour discuter de votre projet.
BIOfidal vous garantira ainsi réactivité, adaptabilité, et surtout la qualité du séquençage haut-débit de vos projets sur un grand nombre d’échantillons à des tarifs concurrentiels.
De par sa capacité à générer plusieurs millions de séquences simultanément, le MiSeq vous offre la possibilité de séquencer vos divers projets à des tarifs défiants tout concurrence.
BIOfidal vous propose ainsi toute sa gamme d’applications ainsi que ses pipelines d’analyses :
1. Projet de type DNA-seq
- Reséquençage de petits génomes pour l’analyse de variants génétiques
- Séquençage de novo de petits génomes pour leur reconstruction
2. Séquençage de vos amplicons
- Séquençage de petits amplicons (jusqu’à 600 bp) avec la possibilité de multiplexer jusqu’à 864 échantillons sur un même run pour l’analyse de variants génétiques
- Séquençage de longs amplicons de 2 à 15 kb
- Séquençage de panels de gènes d’intérêt associés à diverses maladies tels que les cancers et myéloïdes, maladies cardiaques, typage des antigènes d’histocompatibilité HLA, etc.
- Analyse métagénomique bactérienne et eucaryotes de vos échantillons en séquençant les régions hypervariables de l’ARNr 16S (V3-V4 typiquement), sa séquence complète ou d’autres gènes tels que les ITS, les gènes rpoB, groEL, gyrB, recA, etc.
3. Analyse transcriptomique
- Analyse transcriptomique bactérienne par RNA-seq pour l’évaluation de l’expression génique de vos souches
- Séquençage small RNA-seq des petits ARN (small RNA) pour permettre leur identification
- Analyse trancriptomique ciblée eucaryote par RNA-seq pour l’évaluation de l’expression génique sur un panel de gènes cibles
4. Autres types de projets
- Séquençage ChIP-seq de vos ADN capturés et purifiés par ChIP après immunoprécipitation avec des protéines d’intérêt pour l’identification d’interactions protéine-chromatine
- Séquençage Tn-seq de sites d’insertion de transposon pour identifier des gènes essentiels ou ayant un avantage pour la croissance dans des milieux spécifiques (détermination de la relation génotype-phénotype)
- Séquençage de vos banques déjà construites
Si la capacité de données générées du MiSeq ne vous est pas suffisante (projet de séquençage eucaryotes notamment), nous pouvons aussi construire vos banques Illumina pour les séquencer sur une autre plateforme de séquençage et vous aider à construire d'autres types de banques (analyse d'exome, méthylome etc.).
