Un logiciel biopuce est un outil informatique qui permet d'exploiter les informations et les images obtenues à partir des lecteurs de biopuces et des biopuces. Ces ou informations (codes-barres, suites de points, etc.) images constituent des données brutes qui sont inutilisables en l'état. Le logiciel biopuce permet d'en analyser le contenu, et d'obtenir des informations pertinentes grâce à des outils de compilation, de statistique, d'acquisition d'image, d'interprétation, etc.
Les logiciels biopuces sont des logiciels professionnels, destinés à faciliter les recherches en laboratoires. Ils disposent d'algorithmes spécifiquement formulés pour rechercher précisément des données dans des suites de données importantes et complexes. Les logiciels biopuces permettent de créer des graphiques complexes. Certains logiciels biopuces permettent de transférer les données vers d'autres logiciels (basse de données par exemple) compatibles avec les systèmes Windows, Mac ou Linux.
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