La méthode la plus utilisée pour l'analyse des gènes est la méthode SAGE, qui est l'analyse en série de l'expression des gènes. Cette méthode permet d'analyser la fréquence d'expression d'un ARN messager dans une cellule ou un tissu.
La mise en œuvre de la méthode SAGE consiste à isoler dix nucléotides de la séquence d'ARN messager ; ils forment ce que l'on appelle une étiquette. On produit alors d'une part les ADN complémentaires à cette étiquette et d'autre part une molécule d'ADN clonée à partir de ces ADN complémentaires. Cette molécule est ensuite séquencée de manière automatique pour l'analyse du génome.
D'autres méthodes ont plus récemment été mises au point pour l'analyse des gènes, comme les méthodes LongSage et SuperSage qui permettent d'analyser des étiquettes plus longues. Une autre méthode nommée DeepSage provient d'une adaptation de la méthode LongSage.
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