Séquençage ONT : demandez un devis

Séquençage ONT : comprendre les enjeux de la lecture ultra-longue

Le séquençage ONT (Oxford Nanopore Technologies) révolutionne la génomique grâce à des lectures jusqu’à plusieurs mégabases, obtenues en temps réel. Cette catégorie couvre l’ensemble des équipements, consommables et prestations de séquençage ONT (service de paillasse ou sous-traitance complète) fournies par les laboratoires et sociétés spécialisées référencées sur FranceBiotechnologies.

Définition et rôle

Principe : des molécules d’ADN ou d’ARN traversent un nanopore, générant un signal électrique converti en séquence. Cette approche de long read sequencing surpasse les technologies courtes pour l’assemblage de novo, les régions répétées et l’analyse d’isoformes.

Plates-formes ONT : MinION pour la portabilité, GridION pour le débit moyen, PromethION pour le séquençage industriel haute capacité. Des flow cells dédiées (R9.4.1, R10.4) et kits de préparation rapides facilitent la mise en place dans les laboratoires.

Technologies et sous-services disponibles

• Séquençage de génomes complets (WGS) longue lecture
• Transcriptomique full-length (isoform sequencing)
• Séquençage ciblé d’amplicons ou panels CRISPR
• Métagénomique nanopore pour microbiomes complexes
• Barcoding et adaptive sampling pour enrichissement d’espèces
• Analyse bio-informatique : assemblage, annotation, détection de variants

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Secteurs d’application

Les solutions ONT intéressent de nombreux domaines :

• Recherche académique en génomique, épigénomique et transcriptomique
• Agro-alimentaire : contrôle de souches, traçabilité génétique
• Biotechnologies & pharma : développement de thérapies géniques
• Environnement : surveillance des pathogènes, métagénomique eau/sol
• Clinique (R&D) : diagnostic rapide d’agents infectieux, pharmacogénomique

Normes, qualité et sécurité des données

Accréditations : les laboratoires peuvent disposer de la norme ISO 15189 pour les applications médicales ou ISO 17025 pour les analyses génétiques spécialisées. Les prestations diagnostiques suivent les directives CE-IVD et la réglementation IVDR.

Protection des données : cryptage, sauvegarde redondante et conformité RGPD garantissent la confidentialité des séquences humaines.

Avantages clés pour les utilisateurs

• Lectures ultra-longues : jusqu’à 4 Mb pour un assemblage sans lacunes
• Résultats en temps réel grâce au streaming de données
• Flexibilité des débits (1 à 48 flow cells simultanées sur PromethION)
• Réduction des coûts d’infrastructure : pas de mise au point chimique lourde
• Compatibilité directe ADN/ARN : pas de PCR obligatoire, moins de biais
• Support bio-informatique intégré par les fournisseurs référencés

Conseils pour choisir votre prestataire

Définir le niveau de couverture : un génome bactérien peut nécessiter 30×, alors qu’un génome humain complet exige 60× ou plusieurs flow cells.

Évaluer l’expérience : vérifiez le nombre de projets réalisés, la maîtrise des kits ONT et la capacité à livrer une analyse clé en main.

Comparer les délais : certains prestataires livrent un premier jeu de données en moins de 24 h grâce aux protocoles rapid kit.

Pensez à la bio-informatique : un pipeline d’assemblage et d’annotation optimisé peut réduire de 40 % le temps d’obtention de résultats exploitables.

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